Что-то туплю, как исправить?
Создал поддомен sub.domain.ru
В папку  ../public_html/sub/ положил файл script.php.
Ввожу:
 http://sub.domain.ru/script.php
Файл скачивается.
Если ввести:
 http://www.domain.ru/sub/script.php
Скрипт выполняется.
браузер у вас чудит вероятнее всего
Такое ощущение, что хендлер апача .php не привязан, попытался привязать в .haccess, ничего не изменилось.
Точно не браузер, т.к. сразу проверил всеми, что есть под рукой.
проблема остается.
Вы, случайно,  не ошиблись службой поддержки?
domain:     DOMAIN.RU
type:       CORPORATE
nserver:    ns.caravan.ru.
nserver:    ns2.caravan.ru.
state:      REGISTERED, DELEGATED
person:     STAS DRUGALEV
phone:      +7 495 3632252
tracert domain.ru
  1    23 ms    20 ms    19 ms  Moscow03-ATM1-0-0.65.rosprint.net [195.151.241.86]
  2    20 ms    24 ms    21 ms  Moscow43-GE0-2.RoSprint.net [193.232.88.4]
  3    21 ms    22 ms    22 ms  oct-ix.caravan.ru [193.232.246.208]
  4    25 ms    24 ms    21 ms  vlan65.ge1-3.office-1.caravan.ru [217.23.131.150]
 5    25 ms    30 ms    24 ms  mx1.caravan.ru [217.23.130.2]